Miguel Herrera tuvo dos etapas con las Águilas del América como Director Técnico, en las que tuvo varios logros que resultaron en trofeos para las vitrinas del Club Azulcrema, los buenos resultados con el equipo lo llevaron a la Selección Mexicana y al Mundial de Brasil 2014, donde el Tri dio una de las mejores demostraciones en copas del mundo.
El Piojo llegó a América para el Clausura 2012, sustituyendo la corta etapa de Alfredo Tena en el banquillo Azulcrema, tras una temporada para el olvido en la que el Club terminó en la decimo séptima posición con apenas 15 puntos. Herrera logró levantar al equipo terminando la fase regular en la tercera posición con 32 puntos, alcanzando las Semifinales donde cayeron con Monterrey 2-0.
Apenas un año después de tomar el mandó del equipo, Miguel Herrera comando la remontada épica en el Estadio Azteca contra Cruz Azul, en aquel 2-1 con gol de Moisés Muñoz en los últimos minutos que envío la Final hasta la tanda de penales donde las Águilas del América lograron el titulo del Clausura 2013.
Para el Clausura 2017 el Club volvió a quedar fuera de la Liguilla, situación que terminó en el cese de Ricardo Lavolpe, y Miguel Herrera llegaría para una segunda etapa con las Águilas, y nuevamente levantaría el plantel y terminaría en segundo lugar con 33 puntos, solo por detrás de Cruz Azul con 36 unidades, y se repetiría la final del 2013 pero en está ocasión los Azulcremas se impusieron con un contundente 2-0 y levantarían por segunda vez el título del Apertura 2018 con Miguel Herrera.
En 2019 disputaron la Copa MX, logrando ganarla después de 45 años, en el camino a la Final dejaron fueran al acérrimo rival, las Chivas del Guadalajara, en 4tos de Final con un marcador de 2-0. La Final la ganaron con un marcador de 1-0 contra los Bravos de Juárez,
El 14 de julio del 2019, Miguel Herrera conseguiría el último título con el América, cuando enfrentaron a Tigres por el Campeón de Campeones, en un partido cerrado que tuvo que decidirse en tanda de penales tras empatar 0-0 en tiempo regular, los Azulcremas levantaron la copa de Campeón de Campeones superando a los de Nuevo León, 6-5 desde los 11 pasos.
A pesar del los títulos del Piojo Herrera conseguidos en sus dos etapas, siempre se le negó trascender en la Liga de Campeones de Concacaf, lo mas lejos que Miguel llegó en el certamen fue en está edición en la que quedó fuera en Semifinales contra LAFC, la eliminación sumó a la decisión de cesarlo del banquillo americanista.