El primer equipo al que dirigió fue el Atlante en el Torneo Verano 2002, pero luego de que el conjunto fuera eliminado en cuartos de final en el Clausura 2004, Herrera salió del Atlante.
Luego de eso llegó a Monterrey, donde los Rayados disputaron su primera Final frente a Pumas en el Apertura 2004. Quedando segundo lugar, cabe destacar que al igual que 'El Piojo', Ricardo Lavolpe y Antonio Mohamed han dirigido a Monterrey y América en sus carreras como entrenadores.
La historia entre Miguel Herrera y el 'Ame' comenzó en 2011, cuando el equipo vivía una crisis futbolística tras terminar en el lugar 16 de la Tabla General con 15 puntos tras ser dirigido por Carlos Reinoso y Alfredo Tena.
En su primera etapa y en el primer torneo terminó en tercer lugar con 32 puntos y llegó a semifinales, donde fue eliminado por 'Rayados'. Pero sólo un año después, en el Clausura 2013, ganó su primer título de Liga MX con el América tras vencer a Cruz Azul en tanda de penales en la cancha del Estadio Azteca.
Luego de ganar el título de la Liga MX el 'Piojo' dejó al equipo para irse a dirigir a la Selección Mexicana durante la Copa Mundial de Brasil 2014 y logró ganar la Copa Oro en 2015, sin embargo, problemas extracancha lo dejaron fuera del 'Tri' en julio de ese mismo año. En noviembre del 2015 se fue a dirigir a Xolos, para que tan sólo 2 años después regresara al conjunto de Coapa.
En cuanto regresó al América volvió a levantar el trofeo de la Liga MX en el Apertura 2018 al vencer, una vez más a Cruz Azul en el Estadio Azteca, pero esta vez en tiempo reglamentario.
En 2019 después de 45 años sin título de Copa MX, llevó a las 'Águilas' al título derrotando a Juárez en la final. En julio de ese mismo año le ganó a Tigres el Campeón de Campeones y así sumar su cuarto trofeo como Técnico 'azulcrema'.
Así es como entre polémicas y críticas, Miguel Herrera suma 9 años con América para convertirse en el Director Técnico con más triunfos con el equipo de Coapa al sumar 138.